分子检测阿法诺米切斯阿斯塔奇 - 一种改进的物种特异性qPCR测定方法
David A Strand1, Tomas Jinnerot2, Anna Aspán2
1Norwegian Veterinary Institute, Oslo, Norway.
Journal of invertebrate pathology
|October 20, 2023
概括
一种新的定量实时PCR (qPCR) 试验可以准确检测瘟疫病原体阿法诺米塞斯 (Afanomyces astaci). 这种改进的检测方法可以防止Aphanomyces fennicus的错误阳性,确保可靠的疾病查.
科学领域:
- 水生微生物学 水生微生物学
- 类病原体的病原体
- 疾病诊断 疾病诊断
背景情况:
- 在欧洲的淡水中,Aphanomyces astaci造成了毁灭性的瘟疫.
- 已建立的特定物种定量实时PCR (qPCR) 对A. astaci的测定可以产生错误的阳性结果,因为与Aphanomyces fennicus交叉放大.
- 精确的检测对于管理鱼种群和预防疾病传播至关重要.
研究的目的:
- 为Aphanomyces astaci.开发和验证一种改进的物种特异性qPCR测定方法,用于Aphanomyces astaci.
- 确保新的测定方法避免了Aphanomyces fennicus和其他相关物种的放大.
- 为了比较改进的试验与已建立的WOAH推试验的性能.
主要方法:
- 开发一种针对A. astaci. 的新型物种特异性qPCR测定方法.
- 在三个独立实验室使用不同的qPCR主混合物进行验证.
- 来自A. astaci,A. fennicus和相关的Aphanomyces spp.的基因组DNA的比较分析.
- 使用鱼组织和环境DNA (eDNA) 样本进行测试.
主要成果:
- 改进的qPCR测定证明了对A. astaci的高特异性,成功避免了A. fennicus和其他测试的Aphanomyces物种的放大.
- 在所有测试样本类型中,改进的试验的灵敏度与已确定的试验相当.
- 来自挪威Lierelva河的环境DNA样本在既定测试中呈阳性,但在改进的测试中呈阴性,表明假阳性.
- 对eDNA样本的测序证实了A. fennicus的存在,这表明其分布在芬兰之外.
结论:
- 开发的qPCR测定提供了一个可靠和特定的工具来检测阿法诺米切斯阿斯塔奇.
- 这种改进的诊断方法对于精确监测和管理瘟疫至关重要.
- 这些发现凸显了需要谨慎的测试设计,以避免在病原体检测中跨物种放大.
