多中心试点研究,为癌症患者标准化临床整体外体序列测序 (WES)
Michael Menzel1,2, Stephan Ossowski3,4,5, Sebastian Kral6,7
1Institute of Pathology, Heidelberg University Hospital, Heidelberg, Germany.
NPJ precision oncology
|October 20, 2023
概括
这项研究评估了癌症患者临床整体外基因组测序 (WES) 的机构间变异性. 结果显示,体变异和复杂生物标志物的一致性很高,突出显示了基因组分析标准化的必要性.
科学领域:
- 在瘤学瘤学.
- 基因组学就是基因组学.
- 分子诊断学 分子诊断学
背景情况:
- 精确瘤学和向疗法需要全面的基因组分析.
- 整体外基因组测序 (WES) 对于识别可用药物的标和复杂的生物标志物,如瘤突变负担 (TMB),同源重组修复缺陷 (HRD) 和微卫星不稳定性 (MSI) 至关重要.
研究的目的:
- 评估五个德国个性化医学中心 (ZPMs) 临床WES的机构间变异性.
- 在多中心 WES 环境中评估变异调用,副本数量改变 (CNA) 和复杂生物标志物的一致性.
主要方法:
- 一项比较试点研究分析了来自30名患者的瘤和匹配正常DNA.
- 在参与机构中利用定制的测序协议和生物信息管道.
- 对体变异,CNA,TMB,HRD和MSI的评估一致性与三个机构的共识相对应.
主要成果:
- 对体变异调用 (91-95%PPA,82-95%PPV) 的高一致性和复杂生物标志物的强相关性 (HRD:0.79-1,TMB:0.97-0.99).
- 在微卫星不稳定性 (MSI) 和17个可使用药物的目标中,16个是完全一致的.
- 对副本数量改变 (CNA) 的较低同意率 (76%),具有显著的湿实验室可变性.
结论:
- 临床WES对关键的基因组变化和生物标志物具有很高的一致性,支持其在精密瘤学中的实用性.
- 在CNA检测的变化和不同的注释/过协议需要严格的质量控制和标准化,以实现全面的基因组分析.
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