牛津纳米孔图书馆对细菌基因组学策略的比较

科学领域:

• 基因组学就是基因组学.
• 生物信息学是一种生物信息学.

背景情况:

• 牛津纳米孔技术 (ONT) 为细菌基因组测序提供了三个主要的图书馆准备方法:标记 (TAG),绑定 (LIG) 和放大 (PCR).
• 在没有直接的比较数据的情况下,选择最佳方法是具有挑战性的.

研究的目的:

• 为了比较TAG,LIG和PCR库准备策略的性能,用于细菌基因组测序.
• 为了评估序列输出,噪声水平,条码效率和组装质量.

主要方法:

• 在ONT平台上使用TAG,LIG和PCR库制备方法对12种细菌菌株进行测序.
• 分析读取长度,总输出,读取映射率到策划的基因组,输出同质性和人工合内容.
• 评估数据丢失在基础调用和解复数过程中,包括读取泄漏.

主要成果:

• 在长读数 (>5,000 bp) 和低噪音 (92.9%的映射率) 中,LIG产生了最高的输出 (33.62 Gbp).
• TAG的输出量中等 (11.72 Gbp),读取时间长,映射速率很好 (87.3%).
• PCR导致读数显著缩短 (<1,100 bp),输出较低 (4.79 Gbp),噪声较高 (22.7%的映射率),以及大量的人工合内容 (22.5%).
• 由于未分类的读取而导致的数据损失约为20%,读取泄漏率为1.5%.

结论:

• LIG是细菌基因组测序的优越方法,因为读数高,读长长,测序噪声低.
• TAG是一种可行的替代品,性能适度.
• 由于读取长度短,噪声高,以及人工内容,PCR不太理想,需要严格验证组装结果并检测泄露的读取物可能造成的等离子体污染.