在未经处理的废水中对SARS-CoV-2进行查的色度测试RT-LAMP的评估
Jesmin Akter1, Wendy J M Smith2, Metasebia Gebrewold2
1Department of Civil and Environmental Engineering, University of Science and Technology, Republic of Korea; Department of Environmental Research, Korea Institute of Civil Engineering and Building Technology (KICT), Republic of Korea; CSIRO Environment, Ecosciences Precinct, 41 Boggo Road, Dutton Park, QLD 4102, Australia.
The Science of the total environment
|October 21, 2023
概括
反转录循环介导同热放大 (RT-LAMP) 是一种更简单,更快速的方法,用于在废水中检测SARS-CoV-2,虽然比RT-qPCR更不敏感. 它仍然是COVID-19废水监测的宝贵工具,特别是在资源有限的环境中.
科学领域:
- 环境微生物学环境微生物学
- 分子诊断学 分子诊断学
- 病毒学 病毒学
背景情况:
- 废水监测对于监测SARS-CoV-2至关重要.
- 为了公共卫生,需要准确和高效的检测方法.
- 为了优化监测策略,比较不同的分子测试是必不可少的.
研究的目的:
- 为了比较RT-LAMP和RT-qPCR测定在未经处理的废水中检测SARS-CoV-2RNA的分析灵敏度和性能.
- 评估RT-LAMP和RT-qPCR方法之间的一致性和相关性.
- 评估RT-LAMP适用于基于废水的SARS-CoV-2监测的适用性.
主要方法:
- 对RT-LAMP和三个RT-qPCR试验 (美国疾病预防控制中心N1,美国疾病预防控制中心N2,E_Sarbeco) 的比较,针对SARS-CoV-2的N和E基因.
- 使用定量病毒RNA标准测试分析灵敏度.
- 对内源SARS-CoV-2RNA的临床废水样本的分析.
- 使用kappa统计和后勤回归进行一致性和相关性分析.
主要成果:
- 与RT-LAMP相比,RT-qPCR测定显示出更高的分析灵敏度.
- 美国疾病预防控制中心N1RT-qPCR试验在播种的废水样本中显示出更高的灵敏度.
- 在29/30个废水样本中,RT-qPCR检测到SARS-CoV-2;在27/30个废水样本中检测到RT-LAMP.
- 在RT-LAMP和美国CDC N1/E_Sarbeco RT-qPCR测定之间观察到强烈的一致性.
结论:
- 尽管敏感度较低,但RT-LAMP在SARS-CoV-2废水监测方面提供了速度和简单性的优势.
- RT-LAMP是选的宝贵工具,特别是在资源有限的环境中.
- 优先考虑RT-LAMP阳性样本进行测序可能是有益的,因为敏感性降低.
