结直肠癌中免疫和炎症基因的差异性基因表达,使用向RNA测序
Veronika Holubekova1, Dusan Loderer1, Marian Grendar2
1Laboratory of Genomics and Prenatal Diagnostics, Biomedical Center in Martin, Jessenius Faculty of Medicine, Comenius University in Bratislava, Martin, Slovakia.
Frontiers in oncology
|October 23, 2023
概括
这项研究分析了结直肠癌 (CRC) 中的免疫基因表达,确定了参与瘤发育和转移的关键途径. 这些发现可以为CRC患者提供个性化免疫疗法.
科学领域:
- 在瘤学瘤学.
- 免疫学 免疫学 免疫学
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 大肠直肠癌 (CRC) 是一种复杂的疾病,由分子变化驱动,并受到瘤微环境 (TME) 的影响.
- 了解免疫系统 (IS) 和TME之间的相互作用对于开发有效的CRC免疫疗法至关重要.
研究的目的:
- 分析CRC中的炎症性和免疫相关基因表达特征.
- 为了确定涉及CRC致癌,转移和基尔斯大鼠肉瘤病毒 (KRAS) 突变状态的异常信号通路.
主要方法:
- 在11个瘤和11个非瘤样本上使用下一代测序 (NGS) 进行差异基因表达分析.
- 有 475 个炎症和免疫基因的向RNA 测序面板.
- 使用CLC Genomics Workbench,R库和Reactome GSA进行生物信息评估;通过91名患者的实时PCR进行验证.
主要成果:
- 在TNFRSF4,IRF7,IL6R,NR3CI,EIF2AK2,MIF,CCL5,TNFSF10,CCL20,CXCL11,RIPK2和BLNK中发现了显著的基因表达差异.
- 验证的RNA-seq数据与qPCR用于TNFSF10,RIPK2和BLNK.
- 突出免疫系统,信号传导,疾病,基因表达,DNA修复和编程细胞死亡作为关键调节的途径.
结论:
- 细胞细胞核癌发生涉及细胞受体,信号传递,DNA修复和细胞周期控制的多层次变化.
- 已识别的途径有助于转移性癌症干细胞的形成,并阐明了IS在CRC TME中的作用.
- 精确的路径识别可以帮助选择个性化的CRC治疗.


