实践中的Episignatures:为10种神经发育障碍的分子诊断发表的Episignatures的独立评估

科学领域:

• 遗传学 是一个遗传学.
• 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.
• 罕见疾病 罕见疾病

背景情况:

• 不确定意义的变异 (VUS) 在罕见疾病分子诊断中构成挑战.
• 副标记,DNA甲基化模式,是孟德尔神经发育障碍的新兴生物标志物.

研究的目的:

• 独立验证已发布的episignatures的预测性能,用于对VUS进行分类.
• 在临床环境中评估episignatures的诊断实用性.

主要方法:

• 来自致病变体携带者,VUS携带者和健康对照者的生成DNA甲基化数据.
• 应用了一个k-最近邻居分类器,使用一个离开一个的交叉验证方案.
• 计算的无偏差的特异性和灵敏性,用于多个episignatures.

主要成果:

• 在所有测试的episignatures中实现了100%的特异性.
• 灵敏度差异很大,ATRX,DNMT3A,KMT2D和NSD1签名显示了100%的灵敏度.
• CREBBP-RSTS和一个CHD8签名表现出低灵敏度 (<40%),而另一些则显示出可变的性能 (70-100%).

结论:

• 副签名的性能不均;需要谨慎的解释.
• 一些特征 (ATRX,DNMT3A,KMT2D,NSD1) 是适合用于诊断的.
• 进一步验证较大的队列和多样化的副标签对于确定它们的确切临床实用性至关重要.