通过多奥米克分析识别与黑色素瘤免疫疗法反应相关的生物标志物
1Biomedical Informatics Research Lab, School of Basic Medicine and Clinical Pharmacy, China Pharmaceutical University, Nanjing, 211198, China; Cancer Genomics Research Center, School of Basic Medicine and Clinical Pharmacy, China Pharmaceutical University, Nanjing, 211198, China; Big Data Research Institute, China Pharmaceutical University, Nanjing, 211198, China.
Computers in biology and medicine
|October 24, 2023
概括
确定黑色素瘤免疫疗法反应的生物标志物是关键. 这项研究发现了新的基因组,转录组和蛋白质组特征,包括瘤途径丰富和免疫细胞激活,可以预测患者对免疫检查点抑制剂的反应.
科学领域:
- 在瘤学瘤学.
- 免疫学 免疫学 免疫学
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 免疫检查点抑制剂 (ICI) 在黑色素瘤治疗中是成功的,但反应率各不相同.
- 预测性生物标志物对于优化黑色素瘤患者ICI治疗至关重要.
研究的目的:
- 为了确定新的多组生物标志物来预测黑色素瘤免疫治疗的反应.
- 为了比较响应性和非响应性黑色素瘤瘤之间的分子特征.
主要方法:
- 利用了癌症基因组图谱 (TCGA) 的多omics数据 (人体突变,转录组) 和免疫治疗数据.
- 将TCGA皮肤皮肤黑色素瘤 (SKCM) 队列分为响应性和非响应性组.
- 进行了全面的多基因分析 (基因组,转录组,表观组,蛋白质组) 以确定差异性的分子特征.
主要成果:
- 已确认的已知生物标志物:瘤突变负担 (TMB),拷贝数改变 (CNA),瘤内异质性 (ITH),PD-L1表达和瘤免疫力.
- 确定了新的关联:巨细胞和树突细胞激活与反应的负相关性.
- 发现瘤路径 (JAK-STAT,RAS,MAPK,HIF-1,PI3K-Akt,VEGF) 的正相关性和mTOR信号与响应的负相关性.
- 发现了与免疫治疗反应相关的微RNA和蛋白质.
结论:
- 一些新的分子特征,包括免疫细胞激活和特定的瘤性途径,显示为黑色素瘤免疫疗法反应的预测生物标志物的潜力.
- 这些发现需要进一步调查,以完善ICI治疗患者的选择.
