在常规兽医疫情检测中使用Salmonella Typhimurium DT104的SNP地址
J M Bettridge1,2, L C Snow1, Y Tang3
1Department of Epidemiological Sciences, Animal and Plant Health Agency, Weybridge, UK.
Epidemiology and infection
|October 25, 2023
概括
单核酸多态 (SNP) 地址可以在兽医监测中更早地检测沙门氏菌疫情. 使用SNP地址的时空模型比传统的菌体类型化更快地识别了集群,并且比传统的菌体类型化更少.
科学领域:
- 兽医流行病学 兽医流行病学
- 微生物基因组学 微生物基因组学
- 公共卫生监督是对公共卫生的监督.
背景情况:
- 从全基因组序列 (WGS) 衍生出的单核酸多态 (SNP) 地址是一种病原体类型化方法.
- 目前的公共卫生监测使用SNP地址用于胃肠道感染.
- 这项研究探讨了在兽医监测中检测沙门氏菌疫情的SNP地址.
研究的目的:
- 试验SNP地址在兽医监测中用于检测沙门氏菌疫情的使用.
- 为了比较使用SNP地址与菌体类型的时间和时空集群检测模型.
- 评估SNP地址在预警系统中的有效性.
主要方法:
- 利用了沙门氏菌病例的历史数据集.
- 时间和时空集群检测模型的比较.
- 根据SNP地址和菌体类型定义的病例用于比较分析.
- 分析了集群检测时间,大小和特征.
主要成果:
- 时间和时空模型都有效检测出基于SNP的沙门氏菌群.
- 时空模型始终比时间模型更早地检测到集群.
- SNP地址显示空间和时间限制,有助于区分集群类型.
- 与菌体类型模型 (中位数7) 相比,时空模型检测到较少病例 (2-3) 的集群.
结论:
- SNP地址是兽医监督中早期检测的一个有价值的工具.
- 时空模型增强了早期爆发检测能力.
- 由于SNP地址的数量很高,需要自动化进行常规实施.
- 需要进一步研究时间变化和宿主物种影响.
