一个实验设计,用于从单个非侵入性遗传协议中获取目标物种的DNA及其饮食
Shrutarshi Paul1, Naama Shahar1, Merav Seifan1
1Mitrani Department of Desert Ecology, Blaustein Institutes for Desert Research Ben-Gurion University of the Negev Midreshet Ben-Gurion Israel.
Ecology and evolution
|October 25, 2023
概括
我们评估了两种用于野生动物饮食分析的DNA提取协议. 协议A,便玻尿酸外部的抽样,被证明对目标物种和饮食DNA优越,优化资源.
科学领域:
- 野生动物生态学野生动物生态学
- 分子生态学分子生态学
- 保护遗传学 保护遗传学
背景情况:
- 下一代测序 (NGS) 提供了精确的野生动物饮食见解.
- 便DNA提取协议往往有所不同,即使在分析目标物种和饮食时也是如此.
- 优化协议对于高效的野生动物研究至关重要,尽量减少时间,成本和精力.
研究的目的:
- 评估和选择一个单一的DNA提取协议,同时从便样本中获取目标物种 (亚洲野驴,Equus hemionus) 和食DNA.
- 为了在11个参数上比较两个不同的协议 (协议A:外表面擦拭 + 便套件;协议B:内部同质化 + PowerSoil套件) 的效率.
主要方法:
- 在实验中比较了来自亚洲野驴便样本的两个DNA提取协议 (A和B).
- 评估了11个参数,包括目标物种DNA质量/数量 (微卫星,GAPDH) 和饮食DNA指标 (ESV,丰富性,属性,组成).
- 利用NGS进行目标物种和食DNA的高通量分析.
主要成果:
- 协议A在微卫星放大成功,GAPDH基因数量,植物精确序列变异 (ESV) 在属级别和植物属丰富度方面明显优于协议B.
- 在协议之间,在性别相关/植物标志物放大,总读数,属数或植物属组成方面没有发现显著差异.
- 这两种协议都成功地产生了对目标物种及其饮食的数据.
结论:
- 建议同时从亚洲野驴便中提取目标物种和食DNA,使用协议A,以提高效率.
- 虽然协议A显示了优势,但这两种方法都能产生结果,突出了野生动物饮食研究中单一协议策略的潜力.
- 这种优化的方法可以适用于研究野生动物肠道微生物和寄生虫负载的研究,以及饮食和目标物种识别.
