从废水中测序人类病原病毒的元基因组和向方法的比较
Harry T Child1, George Airey2, Daniel M Maloney3
1Biosciences, Faculty of Health and Life Sciences, University of Exeter, Exeter, United Kingdom.
mBio
|October 25, 2023
概括
使用非目标测序的废水病毒监测缺乏灵敏度. 然而,有针对性的元基因组学显示出在环境样本中同时监测各种病原体和基因的前景.
科学领域:
- 环境微生物学环境微生物学
- 病毒学 病毒学
- 基因组流行病学基因组流行病学
背景情况:
- 目前的废水监测依赖于定量聚合酶链反应 (PCR) 和全基因组测序,这些测序仅限于已知的病毒.
- 这些方法需要先前的基因组知识,不能有效地检测新的或新兴的病毒威胁.
研究的目的:
- 评估用于综合废水病毒监测的元基因组测序方法.
- 评估非向和向测序方法的敏感性和范围,以检测废水中的人类病原病毒.
主要方法:
- 从废水中对总核酸的安普利康测序,非准枪测序和混合捕获丰富的枪测序进行比较.
- 对每个方法的病毒基因组覆盖率和病原体检测灵敏度的评估.
主要成果:
- 安普利康测序提供了高病毒基因组覆盖率.
- 未定位的猎枪测序缺乏对人类病原病毒的基因组流行病学的敏感性.
- 猎枪库的混合捕获丰富使一系列呼吸道病毒的同时基因型信息成为可能,这表明了废水监测的潜力.
结论:
- 有针对性的元基因组学,特别是混合捕获丰富,为废水监测提供了一种敏感和广泛的方法.
- 这种方法在环境矩阵中具有重要的潜力,用于监测各种目标,包括病原体和抗菌素耐药性基因.


