基于个体的景观基因组学用于保护:一个分析管道.
E Anne Chambers1,2, Anusha P Bishop1,2, Ian J Wang1,2
1Department of Environmental Science, Policy, and Management, University of California Berkeley, Berkeley, California, USA.
Molecular ecology resources
|October 26, 2023
概括
景观基因组学使用环境和遗传数据来指导保护工作. 一个新的R包,algatr,使这些强大的方法可用于保护生物学应用.
科学领域:
- 保护遗传学 保护遗传学
- 景观基因组学 景观基因组学
- 生物多样性研究的研究.
背景情况:
- 基因组时代为保护问题提供了高分辨率的遗传数据.
- 从以人口为基础的采样转向以个人为基础的采样提供了可靠的遗传变异估计.
- 对将基于人口的方法应用于基于个体的抽样方法的担忧阻碍了采用.
研究的目的:
- 突出个人取样在保护方面的好处.
- 展示基于个体采样的景观基因组学如何解决保护挑战.
- 为景观基因组分析引入一个用户友好的R包.
主要方法:
- 景观基因组方法是详细的.
- 讨论了基于个体的抽样策略.
- 一个新的R包,在R (algatr) 的景观基因组学分析工具包,是呈现的.
主要成果:
- 该 algatr 包提供了关键景观基因组学方法的策划工作流.
- 它包括新的功能和广泛的可访问性小贴士.
- 该方案旨在使景观基因组方法更适用于保护生物学.
结论:
- 景观基因组学,结合以个人为基础的采样,可以回答基本的保护问题.
- 阿尔加特R套餐提高了这些方法的可访问性和应用.
- 该工具包通过整合景观和遗传数据来支持明智的保护决策.


