deltaXpress (ΔXpress):一种使用单细胞qPCR数据绘制差异相关基因的工具
Alexis Germán Murillo Carrasco1,2, Tatiane Katsue Furuya3,4, Miyuki Uno3,4
1Center for Translational Research in Oncology (LIM24), Instituto Do Cancer Do Estado de Sao Paulo (ICESP), Hospital das Clinicas da Faculdade de Medicina da Universidade de Sao Paulo (HCFMUSP), São Paulo, SP, CEP 01246-000, Brazil. agmurilloc@usp.br.
BMC bioinformatics
|October 26, 2023
概括
一个新的网络应用程序deltaXpress (ΔXpress) 分析单细胞定量聚合酶链反应 (qPCR) 数据. 它识别了差异表达和相关的基因,为分子生物学关系提供了新的见解.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 高通量实验产生了大量的分子生物学数据,需要先进的分析工具.
- 定量聚合酶连锁反应 (qPCR) 提供了一种具有成本效益,高通量单细胞转录组学方法.
- 单细胞qPCR可以探索基因依赖关系,这是大规模研究中尚未探索的领域.
研究的目的:
- 介绍deltaXpress (ΔXpress),一个用于分析单细胞qPCR数据的Web应用程序.
- 为探索基因表达和相关性模式提供一个用户友好的平台.
主要方法:
- ΔXpress 网络应用程序是使用 HTML 和 R 编程语言开发的.
- 它使用周期值 (Ct) 和样本元数据进行分析.
- 该应用程序选择最佳的家庭基因,以使目标基因表达正常化.
主要成果:
- ΔXpress 能够进行差异性基因表达分析,类似于散装方法.
- 它在实验条件之间独特地识别了双对差异相关的基因.
- 用户可以下载规范化数据,映射相关基因,并访问基因词汇表.
结论:
- 该 ΔXpress 网络应用程序是免费可访问的,用于非商业用途.
- 它支持各种基于qPCR的实验,包括那些具有家政区域的实验.
- 该工具有助于生成准备发布的图像.
