基于RNA-Seq的转录组分析Neurospora crassa中的氧化清理反应
Nan-Nan Yu1, Mayura Veerana2, Wirinthip Ketya1
1Plasma Bioscience Research Center, Department of Plasma-Bio Display, Kwangwoon University, Seoul 01897, Republic of Korea.
Journal of fungi (Basel, Switzerland)
|October 27, 2023
概括
氧化 (NO) 调节Neurospora crassa中的基因表达,影响碳水化合物,氨基酸代谢和核糖体生物发生. 这项研究确定了参与NO的关键基因和蛋白质域.
科学领域:
- 菌类学 菌类学是指菌类学.
- 分子生物学分子生物学
- 生物化学 生物化学
背景情况:
- 已知状真菌中氧化 (NO) 的生物功能,但分子调节机制尚未完全理解.
- 神经毛虫 (Neurospora crassa) 作为研究丝状真菌的模型生物.
研究的目的:
- 为了研究Neurospora crassa.中氧化 (NO) 的分子调节网络.
- 了解状真菌中NO调节网络的初始阶段.
主要方法:
- 使用RNA测序进行转录组分析.
- 不同基因表达查.
- 功能分析和蛋白质与蛋白质相互作用网络分析.
主要成果:
- 移除细胞内NO改变了424个基因的转录,这些基因主要参与碳水化合物和氨基酸代谢.
- 四个蛋白质域 (指C2H2,PLCYc,PLCXc和SH3) 在差异表达的基因中普遍存在.
- 包括mss-4和gel-3在内的8个枢纽基因被确定为NO清理期间的主要响应基因,影响了植物生长.
- NO清理抑制了与核糖体生物生成蛋白质复合体相关的基因转录.
结论:
- 在N. crassa内源性产生的NO调节了参与碳水化合物和氨基酸代谢和核糖体生物生成的基因.
- NO通过对代谢和核糖体过程的转录控制来影响真菌生长和细胞发育.
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