VarEPS-Influ:一种流感病毒基因组发生和虚拟变化的风险评估系统
Chang Shu1,2, Qinglan Sun1,3, Guomei Fan1,3
1Microbial Resource and Big Data Center, Institute of Microbiology, Chinese Academy of Sciences, Beijing 100101, China.
Nucleic acids research
|October 27, 2023
概括
VarEPS-Influ数据库提供了对流感病毒突变的全面风险评估,评估了当前和潜在的未来变异. 该系统有助于预测和管理流感带来的挑战.
科学领域:
- 病毒学 病毒学
- 基因组学就是基因组学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 流感病毒表现出快速的基因组突变,导致跨物种传播和诊断和疫苗的挑战.
- 准确评估和预测流感病毒变异风险是公共卫生中的重大未满足需求.
研究的目的:
- 开发一个全面的系统来评估流感病毒基因组变异的风险.
- 解决预测流感病毒突变风险的时间滞后问题.
主要方法:
- 开发了流感病毒变异风险评估系统 (VarEPS-Influ) 数据库.
- 采用"突变的多维评估"战略,评估结构性,功能性和流行病学性质.
- 从公共资源中整合了1,065,290个流感A,B和C序列.
主要成果:
- VarEPS-Influ提供了一站式系统,用于评估观察到的和虚拟的流感病毒变异.
- 该系统考虑了突变对物理化学性质,结构,受体/抗体结合和表观素的影响.
- 空间时间分布,宿主范围,血统和突变频率被纳入全面的风险评估.
结论:
- VarEPS-Influ为理解和预测流感病毒基因组变异风险提供了一个强大的平台.
- 该数据库促进了主动策略,以管理流感的演变及其对公共卫生的影响.
- 在https://nmdc.cn/influvar/的可访问数据支持全球研究工作.


