CDS-DB是癌症治疗诱导的患者衍生的基因表达特征的总体
Zhongyang Liu1,2,3, Ruzhen Chen1, Lele Yang1,2
1State Key Laboratory of Proteomics, Beijing Proteome Research Center, National Center for Protein Sciences (Beijing), Beijing Institute of Lifeomics, Beijing 102206, China.
Nucleic acids research
|October 27, 2023
概括
我们开发了癌症药物诱导基因表达签名数据库 (CDS-DB),以系统地收集和分析癌症治疗后患者的基因表达数据. 该数据库有助于理解药物作用机制和治疗反应.
科学领域:
- 癌症研究 癌症研究
- 基因组学就是基因组学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 来自患者的基因表达特征从治疗前和治疗后的转录组提供了关于癌症药物作用机制 (MOA) 和分子反应的见解.
- 积累配对的转录基因数据在系统收集,访问,整合和重复使用方面存在挑战.
研究的目的:
- 建立一个集中,系统策划的数据库,收集由癌症治疗诱导的患者衍生的基因表达特征.
- 为了促进数据访问,集成和重复使用,以促进癌症药物研究.
主要方法:
- 收集了78个患者衍生,配对的治疗前后转录组数据集.
- 均重新处理的表达特征和精选的元数据,包括药物剂量,采样细节和反应状态.
- 从85种疗法和39种癌症亚型的3628个样本中提取了2012年患者水平的基因扰乱特征.
主要成果:
- 癌症药物诱导基因表达签名数据库 (CDS-DB) 现在拥有全面的数据.
- CDS-DB支持浏览,下载,搜索和各种分析 (单一/比较签名,连接).
- 该数据库提供了对药物MOA,异质性,耐药性的洞察,并有助于药物发现/重新定位.
结论:
- CDS-DB解决了癌症药物研究中碎片化转录组数据的挑战.
- 该数据库增强了对药物效应,抗药机制的理解,并促进了新的治疗策略.
- CDS-DB是癌症研究人员的宝贵资源,可以在http://cdsdb.ncpsb.org.cn/.
