scGRN:人类和小鼠的一个全面的单细胞基因调控网络平台
Xuemei Huang1,2,3,4, Chao Song1,2,4,5, Guorui Zhang1,2,4,6
1The First Affiliated Hospital & MOE Key Lab of Rare Pediatric Diseases, Hengyang Medical School, University of South China, Hengyang, Hunan, 421001, China.
Nucleic acids research
|October 27, 2023
概括
scGRN是一个新的平台,从人类和小鼠单细胞多基因数据中对超过237,000个细胞类型特定基因调控网络 (GRNs) 进行了分类. 它提供了分析不同条件下的监管机制的工具.
科学领域:
- 基因组学和生物信息学
- 系统生物学 系统生物学
- 计算生物学 计算生物学
背景情况:
- 基因调控网络 (GRNs) 模型转录因子 (TF) 和向基因之间的相互作用,对于理解疾病机制和开发疗法至关重要.
- 单细胞多omics技术使GRNs的高分辨率推断成为可能.
- 需要为细胞类型特定的GRNs提供一个全面的,可访问的资源.
研究的目的:
- 为人类和小鼠介绍scGRN,一个全面的单细胞多组基因调控网络平台.
- 提供从各种单细胞数据中推断出的细胞类型特定GRNs的大规模目录.
- 为GRN分析和可视化提供综合工具.
主要方法:
- 从单细胞转录组和表观组数据推断基因调节网络 (GRNs).
- 细胞类型特定的GRNs的目录,包括转录因子-点基因对,组织和细胞系.
- 开发在线分析工具,用于差分网络分析,TF丰富和路径分析.
主要成果:
- 该scGRN平台目录了237,051个细胞类型特定的GRN (62,999,692个TF-目标基因对) 在160个组织/细胞系和1324个单细胞样本中.
- 它是第一个从单细胞多组数据中记录各种人类和小鼠疾病的大规模,细胞类型特定的GRN信息的资源.
- 关于TF与促进剂,超级增强剂和增强剂结合的详细信息在GRN中提供.
结论:
- scGRN是搜索,浏览,分析,可视化和下载GRN的集成平台.
- 该平台促进了对各种生物条件的监管机制差异的洞察.
- scGRN支持疾病病因研究和开发新型治疗策略的研究.
