从多个转录组学数据集中对差异性基因表达模式的强有力的识别,用于早期诊断,预后和乳腺癌治疗
Khanis Farhana Tuly1, Md Bayazid Hossen1, Md Ariful Islam1
1Bioinformatics Lab, Department of Statistics, University of Rajshahi, Rajshahi 6205, Bangladesh.
Medicina (Kaunas, Lithuania)
|October 28, 2023
概括
这项研究坚定地确定了8个乳腺癌枢纽基因 (HubG) 作为潜在的诊断和预后生物标志物. 这些发现为早期乳腺癌诊断,预后和治疗策略提供了宝贵的见解.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 癌症研究 癌症研究
背景情况:
- 乳腺癌 (BC) 仍然是全球女性癌症相关死亡的主要原因.
- 早期识别BC引起的枢纽基因 (HubGs) 对于改善预后,诊断和治疗至关重要.
- 之前的研究经常采用不稳固的统计方法,需要更可靠的方法.
研究的目的:
- 使用综合统计和生物信息学方法识别强大的BC引起的HubG.
- 评估已识别的HubG的早期预后和诊断性能.
- 探索潜在的治疗策略,针对已识别的HubG.
主要方法:
- 强大的统计数据与生物信息学工具和数据库的整合.
- 对微阵列和单细胞RNA测序数据集的分析 (GSE26910,GSE42568,GSE65194,GSE235168)
- 蛋白质-蛋白质相互作用网络分析,独立数据集验证,基因本体学 (GO) 和基因和基因组的京都百科全书 (KEGG) 路径丰富分析,以及分子对接.
主要成果:
- 鉴定了46个常见的差异表达基因 (cDEG) 和八个引起BC的HubG (COL11A1,COL10A1,CD36,ACACB,CD24,PLK1,UBE2C,PDK4).
- 用独立数据集和癌症基因组图谱 (TCGA) 来验证HubG作为诊断和预后生物标志物.
- 通过分子对接,通过准与癌症相关的翻译后修改部位,发现潜在的治疗药物分子 (苏拉明,利法西明,特尔米沙坦,图卡替尼,奥拉帕里布,TG.02).
结论:
- 已识别的HubG,特别是COL11A1和CD24,显示出作为乳腺癌早期诊断和预后生物标志物的巨大潜力.
- 该研究为开发针对已识别的HubG的新型治疗干预措施提供了坚实的基础.
- 这些发现为推进早期乳腺癌诊断,预后和治疗提供了宝贵的资源.
