在NGS查中检测SARS-CoV-2 Δ426 ORF8删除突变群
Riccardo Cecchetto1,2, Emil Tonon1,2, Nicoletta Medaina2
1Microbiology Section, Department of Diagnostic and Public Health, University of Verona, 37134 Verona, Italy.
Microorganisms
|October 28, 2023
概括
下一代测序发现了SARS-CoV-2的BA.5.1 Omicron变体中的大量删除. 这种基因突变在多名患者中被发现,包括那些免疫缺陷患者.
科学领域:
- 病毒学 病毒学
- 基因组学就是基因组学.
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- SARS-CoV-2 的 BA.5.1 Omicron 变种在 2022 年底出现.
- 了解SARS-CoV-2的遗传变异对于跟踪病毒进化和传播至关重要.
研究的目的:
- 在SARS-CoV-2变种中识别和描述显著的遗传缺失.
- 调查 BA.5.1 Omicron 变种中特定删除的流行率和潜在影响.
主要方法:
- 对SARS-CoV-2阳性样本进行下一代测序 (NGS).
- 病毒基因组的生物信息分析以检测删除.
- 识别的删除与公共数据库 (NCBI) 中现有序列的比较.
主要成果:
- 在感染BA.5.1 Omicron变种的6名患者中,确定了跨越ORF7b和ORF8的426核酸删除.
- 删除保留了部分ORF7b和ORF8蛋白的读取框架.
- 在NCBI数据库中的15个其他序列中发现了类似的删除,其中7个来自美国和瑞士的病例与BA.5.1变种和删除相匹配.
- 在6例确诊的删除病例中,有3例发生在免疫受损患者中.
结论:
- 在BA.5.1 Omicron变异的ORF7b和ORF8中发现的删除是一个显著的遗传重组.
- 删除旁边的重复的存在表明一个潜在的机制涉及头的形成.
- 免疫受损患者的更高患病率表明,这种情况可能会促进这种突变的SARS-CoV-2菌株的选择和复制.
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