在葡萄藤中编码Q型C2H2指蛋白的基因的全基因组识别和分析
Mingyu Chu1, Tiaoye Wang1, Wenfang Li1
1College of Horticulture, Gansu Agricultural University, Lanzhou 730070, China.
International journal of molecular sciences
|October 28, 2023
概括
这项研究确定了葡萄树种中的Q型C2H2指蛋白 (ZFP),揭示了它们在应激反应中的作用,并为分子育种提供了洞察力. 这些转录因子对于葡萄至关重要.
科学领域:
- 植物分子生物学 植物分子生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 转录因子 转录因子
背景情况:
- Q型C2H2指蛋白 (ZFPs) 是植物中最大的转录因子家族.
- 葡萄葡萄基因组缺乏对ZFP基因的全面探索.
- 了解ZFP对于葡萄的分子育种和耐压能力至关重要.
研究的目的:
- 在三种葡萄树种中进行Q型C2H2ZFP基因的全基因组识别和表征.
- 分析这些ZFPs的物理和化学特性,亚细胞定位,系遗传关系和基因结构.
- 研究葡萄藤ZFPs对激素和环境压力的反应中的cis-regulatory元素和表达模式.
主要方法:
- 使用序列数据库进行全基因组识别.
- 遗传学分析和保存域识别.
- 分析物理化学性质,亚细胞定位,染色体映射,基因结构和cis元素.
- 实时定量PCR用于基因表达分析.
主要成果:
- 在Vitis vinifera,Vitis riparia和Vitis amurensis中分别发现了52,54和55个Q型C2H2ZFP.
- 遗传学分析揭示了六个子组,染色体映射显示分布不均.
- 对cis元素的分析表明,VvZFP促进体中压力抵抗元素占主导地位.
- 表达分析证实VvZFP基因对甲基斯酸,酸,酸和低温压力有反应,其中VvZFP10显示出高响应性.
结论:
- 已识别的葡萄藤Q型C2H2 ZFPs是疏水的,稳定的,主要位于核中.
- 这些ZFP在应对植物激素和低温压力方面发挥着重要作用.
- 这些发现为了解葡萄的耐压力机制和未来的分子育种努力提供了基础.
