选择和验证用于逆转录定量PCR分析的参考基因在硬质结核 rolfsii
Chaofan Jiang1,2,3, Lin Zhou1,2,3, Qingchen Zhao1,2,3
1College of Plant Protection, Henan Agricultural University, Zhengzhou 450046, China.
International journal of molecular sciences
|October 28, 2023
概括
这项研究使用逆转录定量PCR (RT-qPCR) 确定了可靠的基因参考基因,用于精确的基因表达分析. 发现GAPDH和PGK是最稳定的基因,可以在各种实验条件下正常化.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 植物病理学 植物病理学
- 菌类学 菌类学是指菌类学.
背景情况:
- 使用逆转录定量PCR (RT-qPCR) 精确的基因表达概况依赖于稳定的参考基因.
- 脊髓硬化菌 (sclerotium rolfsii) 是一种具有广泛宿主范围的病原体,它缺乏用于基因表达研究的验证参考基因.
研究的目的:
- 为了验证Sclerotium rolfsii.中的七个候选参考基因的表达稳定性.
- 在不同的实验条件下确定最适合RT-qPCR正常化参考基因.
主要方法:
- 七个候选参考基因 (UBC,β-TUB,28S,18S,PGK,EF1α,GAPDH) 进行了评估.
- 基因表达稳定性使用geNorm,Normfinder,Bestkeeper和ΔCt算法进行评估.
- 使用RefFinder将结果整合起来,并对基因稳定性进行排名.
主要成果:
- 在所有测试条件中,GAPDH和PGK被确定为S. rolfsii最稳定的参考基因.
- 特定的基因对 (例如,发育阶段的GAPDH和UBC) 在特定条件下显示出高稳定性.
- 使用目标基因的验证证实了选择的参考基因适合正常化.
结论:
- 这项研究提供了一组可靠的基因基因 (GAPDH和PGK) 参考基因,用于Sclerotium rolfsii.精确的基因表达研究.
- 这些发现将有助于未来对这一重要的真菌病原体的基因表达和功能进行研究.
