基于TaqMan小沟结合剂探针的定量逆转录聚合酶连锁反应,用于检测和量化奇孔古尼亚病毒
Y Z Lim1,2, B T Teoh1, S S Sam1
1Tropical Infectious Diseases Research and Education Centre (TIDREC), Higher Institution Centre of Excellence (HICoE), Universiti Malaya, 50603 Kuala Lumpur, Malaysia.
Tropical biomedicine
|October 28, 2023
概括
一种新的基于TaqMan小沟结合剂 (MGB) 探针的定量逆转录聚合酶连锁反应 (qRT-PCR) 试验被开发用于快速,敏感和特定检测奇孔尼亚病毒 (CHIKV). 这种诊断工具有助于早期的CHIKV感染诊断和疫情控制.
科学领域:
- 病毒学 病毒学
- 分子生物学分子生物学
- 传染性疾病 传染性疾病
背景情况:
- chikungunya 病毒 (CHIKV) 是一种由蚊子传播的阿尔法病毒,自2016年以来,在全球范围内出现了复苏.
- 早期诊断CHIKV感染对于患者管理和控制病毒传播至关重要.
- 现有的诊断方法可能需要加强,以快速准确地检测.
研究的目的:
- 开发和验证一种基于TaqMan小沟结合剂 (MGB) 探针的数量逆转录聚合酶连锁反应 (qRT-PCR) 试验.
- 为了使奇孔古尼亚病毒 (CHIKV) 的敏感和特定检测和量化.
- 为早期诊断和治理CHIKV感染爆发提供可靠的工具.
主要方法:
- 设计了针对保存的CHIKV基因组区域 (nsP1-nsP2基因) 的原料和探针.
- 与全球CHIKV序列和其他alphavirus相对应的原始和探针特异性的in silico分析.
- 验证qRT-PCR试验的效率,检测极限 (LOD),特异性以及与商业试验的一致性.
主要成果:
- 开发的qRT-PCR试验显示了高放大效率 (100.59%) 和低LOD (16.6 RNA拷贝).
- 该测试显示出优异的特异性,没有针对登革热病毒血清型,盖塔病毒,坦布苏病毒和寨卡病毒的交叉反应.
- 在开发的试验和商业三重试验之间观察到完全一致 (k=1.000),具有100%的灵敏度和特异性.
结论:
- 开发的基于TaqMan MGB探针的qRT-PCR测定是一种高度敏感和特定的工具,用于CHIKV的检测和量化.
- 这种测试适用于快速诊断,促进及时的患者管理和有效控制CHIKV疫情.
- 该试验的性能表明其作为临床和公共卫生环境中宝贵的诊断资源的潜力.
