scATAC-Ref: scATAC-seq的引用,在多种物种中具有已知的细胞标签
Feng-Cui Qian1,2,3, Li-Wei Zhou4, Yan-Bing Zhu5
1The First Affiliated Hospital & Hunan Provincial Key Laboratory of Multi-omics And Artificial Intelligence of Cardiovascular Diseases, Hengyang Medical School, University of South China, Hengyang, Hunan, 421001, China.
Nucleic acids research
|October 28, 2023
概括
scATAC-Ref是一个新的数据库,包含单细胞染色质可访问性概况和细胞标签. 这个资源有助于准确地分配细胞类型,以获得生物学和病理学的见解.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 单细胞色素可访问性 (scATAC-seq) 揭示了细胞特异性的调控程序.
- 准确的细胞类型分配在scATAC-seq数据中至关重要,但具有挑战性.
- 了解细胞身份是生物学和病理学的见解的关键.
研究的目的:
- 创建一个全面的,手动策划的scATAC-seq配置文件的数据库,具有已知的细胞标签.
- 为了促进精确的细胞类型分配和表观遗传调节的探索.
- 为科学界提供高质量的资源.
主要方法:
- 进行了广泛的文献审查,以整理scATAC-seq数据.
- 开发一个拥有超过160万个单元的scATAC-Ref数据库.
- 标准化下游分析,包括基因活性,TF丰富和共同可访问性.
主要成果:
- scATAC-Ref 包含 1,694,372 个已知标签的细胞,涵盖 >400 种细胞/组织类型和 5 种物种.
- 综合分析揭示了基因活性,TF丰富,差异区域和通路信息.
- 一个用户友好的界面允许查询,浏览和可视化细胞类型.
结论:
- scATAC-Ref是探索跨多种细胞类型的表观遗传调节的宝贵资源.
- 该数据库支持准确的细胞类型识别和功能剖析.
- 促进细胞起源,进化和疾病的研究.
