在单细胞中同时进行高灵敏性基因型和染色质可访问性概况的协议.
Sven Turkalj1, Niels Asger Jakobsen2, Angus Groom1
1MRC Molecular Haematology Unit, MRC Weatherall Institute of Molecular Medicine, University of Oxford, Oxford, UK; Oxford Centre for Haematology, Oxford University Hospitals NHS Foundation Trust, Oxford, UK.
STAR protocols
|October 28, 2023
概括
这项研究引入了一种新的方法,将单细胞ATAC测序 (scATAC-seq) 与基因定型结合起来,以分析体位突变如何影响染色质可访问性. 这种综合方法使得研究人员能够研究表观遗传变化以及单细胞中的遗传变异.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 单细胞ATAC测序 (scATAC-seq) 显示了细胞间的表观遗传变异.
- 目前的scATAC-seq方法通常无法检测外来突变.
- 了解体质突变和染色质之间的相互作用至关重要.
研究的目的:
- 开发一种方法,将高灵敏性基因型识别与scATAC-seq.q.集成在一起.
- 为了能够同时分析单细胞中的基因突变和染色质可访问性.
- 为这种联合单细胞检测提供详细的方案.
主要方法:
- 为单细胞分析开发了一种基于板块的协议.
- 为特定的基因组位置优化基因型化原料.
- 准备了scATAC-seq和单细胞基因型图书馆.
- 使用高通量液体处理平台自动化图书馆准备.
主要成果:
- 成功将高灵敏性基因型鉴定与高含量的scATAC-seq.结合起来.
- 展示了一种方法,同时分析外基突变和染色质景观.
- 研究人员详细的协议指南.
结论:
- 这种方法克服了标准scATAC-seq的局限性,通过结合基因定型.
- 这种综合方法有助于研究体质突变对表观遗传状态的影响.
- 该协议被优化为高通量自动化.
