斑马鱼的大脑注册和评估 (BREEZE) 绘制:全脑结构和活动分析的管道
David S Jin1, Uma Neelakantan2, Cheryl M Lacadie3
1Child Study Center, Yale School of Medicine, New Haven, CT 06510, USA; Department of Neuroscience, Yale University, New Haven, CT 06510, USA; Interdepartmental Neuroscience Program, Yale School of Medicine, New Haven, CT 06510, USA; Department of Neurology, Yale School of Medicine, New Haven, CT 06510, USA.
STAR protocols
|October 28, 2023
概括
我们开发了为斑马鱼 (BREEZE) 绘制脑的注册和评估,这是一个用户友好的管道,用于分析斑马鱼幼虫的大脑图像. 这种工具有助于研究斑马鱼突变体中的神经发育和神经精神疾病.
科学领域:
- 神经科学是一个神经科学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 遗传学 遗传学 是一个
背景情况:
- 斑马鱼幼虫是研究大脑发育和疾病的关键模型.
- 在斑马鱼突变体中分析整个大脑图像需要专门的,可访问的工具.
研究的目的:
- 介绍斑马鱼的大脑注册和评估 (BREEZE) 映射,这是斑马鱼大脑分析的新管道.
- 提供一个用户友好的协议,用于预处理,注册,量化和全脑表型的可视化.
主要方法:
- 利用了BioImage Suite Web,这是一个开源软件,用于人类大脑成像数据.
- 开发了一种用于预处理,注册,量化和可视化全脑图像的管道.
- 将管道应用于与神经发育和神经精神疾病相关的斑马鱼突变种.
主要成果:
- 成功创建了一个用户友好的管道,用于幼虫斑马鱼全脑分析.
- 证明了管道在量化斑马鱼突变体中的表型中的实用性.
- 为具有一般计算能力的研究人员提供了可访问的全脑映射.
结论:
- BREEZE-mapping提供了一种标准化和可访问的方法来分析斑马鱼大脑成像数据.
- 该协议使用斑马鱼模型促进对神经发育和神经精神疾病的遗传基础的研究.
- 该管道增强了对斑马鱼突变体全脑表型的研究.
