转录组衍生的新型EST-SSR标记物的表征和开发,以评估Chaetomium globosum中的遗传多样性
K Darshan1,2, Rashmi Aggarwal1, Bishnu Maya Bashyal1
1Division of Plant Pathology, Fungal Molecular Biology Laboratory, ICAR-Indian Agricultural Research Institute, New Delhi, 110012 India.
3 Biotech
|October 30, 2023
概括
这项研究为生物控制真菌Chaetomium globosum开发了新的分子标记物. 这些表达序列标记-简单序列重复 (EST-SSR) 标记揭示了遗传多样性,并有助于选择有效的疾病控制菌株.
科学领域:
- 菌类学 菌类学是指菌类学.
- 植物病理学 植物病理学
- 分子生物学分子生物学
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- Chaetomium globosum是一种重要的生物控制真菌,具有真菌寄生虫和抗真菌特性.
- 有限的基因组多样性数据阻碍了强大的C. globosum菌株的选择和应用用于生物控制.
研究的目的:
- 在C. globosum中识别和描述表达序列标记-简单序列重复 (EST-SSR) 标记.
- 用新开发的标记物评估C. globosum分离物中的遗传多样性.
主要方法:
- 在C. globosum分离物Cg2上进行了RNA-Seq.
- 以参考指导的de novo组合产生了独基因和EST-SSR标记.
- 在15 C. globosum分离物上进行了原料验证和多态性研究.
主要成果:
- 8485个EST-SSR标记物是从5908个单基因中开发出来的.
- 22个SSR标记物在分离物中揭示了基因多态性,每个标记物有2-4个等位基因.
- 通过UPGMA聚类,确定了三组不同的C. globosum分离物.
结论:
- 开发的EST-SSR标记器为C. globosum多样性研究提供了有价值的工具.
- 这些标记物可以促进优质菌株的选择,以提高生物控制的有效性.
- 这项研究促进了对C. globosum.的基因组理解和生物控制应用.
关键词:
查埃托全球 (Chaetomium globosum) 是一种类型的植物.这是EST-SSRs.遗传多样性 遗传多样性在IlluminaRNA-seqq中使用.分子标记物是分子标记物.转录组 转录组就是一个转录组.更多相关视频
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