基于生物信息学,探索2019年新冠肺炎患者肠道菌群的变化
Gangding Huang1, Yanning Mao1, Weiwei Zhang1
1Department of Gastroenterology, the Fifth Affiliated Hospital of Guangxi Medical University, Nanning, China.
Frontiers in cellular and infection microbiology
|October 30, 2023
概括
在COVID-19患者中观察到肠道细菌组成的变化. 确定了五种关键的细菌AMPLCON序列变异 (ASV),为2019年冠状病毒疾病提供了潜在的诊断标记.
科学领域:
- 微生物组研究的研究.
- 传染病病理学 传染病病理学
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 与健康人相比,COVID-19患者的肠道菌群组成发生了显著的变化.
- 这些肠道微生物组的变化无论药物治疗如何,都会持续存在,这突显了它们与疾病的内在联系.
研究的目的:
- 为了全面分析COVID-19患者和对照组之间的肠道微生物群差异.
- 为潜在的诊断应用识别与COVID-19相关的特定细菌种群和AMPLICON序列变异 (ASV).
主要方法:
- 对α和β多样性的分析,以比较群体之间的物种丰富性,多样性和组成.
- 使用主坐标分析 (PCoA) 和非度量多维缩放 (NMDS) 来评估β多样性.
- 采用线性差异分析效应大小 (LEfSe),随机森林 (RF),LASSO和后勤回归来识别关键细菌种类和ASVs.
主要成果:
- 与对照组相比,COVID-19患者表现出较低的物种丰富性和多样性 (alpha多样性).
- 观察到不同的细菌分类组合,特定的细菌如*g-Streptococcus*在COVID-19中更为丰富,而其他如*c-Clostrjdia*在对照中更为丰富.
- 五种关键的ASV (ASV6,ASV53,ASV92,ASV96,ASV105) 被确定为COVID-19的诊断价值.
结论:
- 这项研究确定了五种具有COVID-19诊断潜力的关键ASV.
- 这些发现为进一步研究肠道微生物组在COVID-19病原和诊断中的作用提供了科学基础.
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