从新鲜和冷的固体瘤样本中优化核隔离,用于多元组测序.

科学领域:

• 基因组学就是基因组学.
• 癌症研究 癌症研究
• 分子生物学分子生物学

背景情况:

• 多基因组测序 (单细胞RNA和ATAC测序) 推动了瘤异质性研究.
• 高质量的测序数据在很大程度上依赖于最佳的输入材料准备.
• 固体瘤由于密集的矩阵和脆弱的细胞而存在独特的挑战.

研究的目的:

• 描述从固体瘤样本中核隔离的最佳实践,用于多原子测序.
• 为优化组织消化和核隔离协议提供建议.
• 确保高质量的单细胞数据用于转化癌症研究.

主要方法:

• 关于固体瘤组织消化的详细方案.
• 单细胞悬浮剂的制备和储存方法.
• 针对多原子测序的核隔离和评估技术.

主要成果:

• 建立了优化的消化条件,以最大限度地提高来自瘤密集组织的细胞产量.
• 开发了强大的核隔离程序,与10x Genomics多原子平台兼容.
• 证明了特定的溶解时间和试剂比对核完整性的重要性.

结论:

• 成功的核隔离对于从固体瘤中获得高质量的多原子测序数据至关重要.
• 提供的建议有助于从具有挑战性的标本中改善细胞和核恢复.
• 这项工作支持通过多原子分析了解瘤细胞异质性的进展.