蝙蝠侠-TCM 2.0:一个增强的综合数据库,用于传统中医成分和标蛋白之间的已知和预测的相互作用
Xiangren Kong1, Chao Liu1, Zuzhen Zhang2
1State Key Laboratory of Proteomics, Beijing Proteome Research Center, National Center for Protein Sciences (Beijing), Beijing Institute of Lifeomics, Beijing 102206, China.
Nucleic acids research
|October 31, 2023
概括
更新的 BATMAN-TCM 2.0 数据库扩展了传统中医 (TCM) 的成分-标相互作用,帮助药理学研究和复杂疾病的药物发现.
科学领域:
- 药理学和生物信息学 药理学和生物信息学
- 传统中医 (TCM) 研究的研究.
背景情况:
- 复杂的成分相互作用阻碍了TCM的现代化.
- 阐明TCM的分子机制是一项挑战.
- 之前,BATMAN-TCM 1.0 是为了解决TCM成分-标蛋白相互作用 (TTI) 而开发的.
研究的目的:
- 将BATMAN-TCM更新到2.0版本,以增加TTI数据集覆盖范围.
- 通过使用omics数据,促进对TCM活性成分或草药进行复杂疾病治疗的选.
- 加强TCM药理学研究和药物发现.
主要方法:
- 已知TCM成分-标蛋白相互作用 (TTIs) 的手动化.
- 使用计算方法预测高可信度的TTI.
- 整合了新的功能,用于同时探索目标和成分.
- 网站重新设计,以改善用户体验和速度.
主要成果:
- 收集了17068个已知的TTI,比1.0.0版本增加了62.3倍.
- 预测大约有230万个高度信任的TTI.
- 增加了用于探索TCM成分-标关系的功能,用于药理学和药物发现.
- 显著扩大了TTI覆盖范围和提高了网站性能.
结论:
- BATMAN-TCM 2.0提供了一个显著扩展的TCM成分-目标相互作用的存储库.
- 更新的数据库支持研究TCM分子机制.
- 预计BATMAN-TCM 2.0将有助于开发用于复杂疾病的新药.
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