对ATF4结合位点的全基因组普查和重叠ATF4结合动机的特征相关遗传变异的功能概况
Tiit Örd1,2, Daima Örd1, Priit Adler3
1Institute of Genomics, University of Tartu, Tartu, Estonia.
PLoS genetics
|October 31, 2023
概括
激活转录因子4 (ATF4) 调节基因表达. 这项研究确定了影响ATF4活动的基因变异,影响了血压和教育成就等特征.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 分子生物学分子生物学
- 遗传学 遗传学 是一个
背景情况:
- 激活转录因子4 (ATF4) 是细胞应激和发育期间基因表达的关键调节者.
- 了解遗传变异如何与ATF4等转录因子相互作用,对于破译复杂的特征关联至关重要.
研究的目的:
- 在人类基因组中识别和描述ATF4结合位.
- 研究ATF4结合部位的特征相关遗传变异的调控活性.
- 通过ATF4介导的转录激活来确定遗传变异是否影响基因表达.
主要方法:
- 使用ChIP-Seq.进行ATF4结合位点的全基因组编目.
- 大规模并行记者试验 (MPRA) 评估在内质网膜应激下,HepG2细胞中的基因变异的基调节活性.
- 路西法酶试验,电泳运动转移试验 (EMSA) 和CRISPR-Cas9基因编辑来验证调控效应.
主要成果:
- 在ATF4结合部位和特征相关遗传变异 (SNP) 之间发现了重叠.
- MPRA证实,许多SNP表现出与ATF4结合动机偏好一致的基调节活性.
- 特定的SNP (例如rs532446,rs7011846) 显示了ATF4依赖的附近基因 (GADD45A,LPL) 的调节,影响了诸如血液学参数和心肌梗塞风险等特征.
- CRISPR-Cas9编辑证实了含有rs532446和rs7011846.6的元素的调节作用.
结论:
- 在ATF4结合部位的遗传变异可以影响基因表达,并有助于人类的特征.
- 这些发现提供了对全基因组关联研究 (GWAS) 变异如何发挥作用的机制性见解.
- 通过ATF4介导的转录调节是遗传变异影响复杂表型的重要途径.
