使用单细胞染色体可访问性测序来表征来自小鼠组织的CD4+T细胞
Kathrin Luise Braband1,2, Annekathrin Silvia Nedwed3, Sara Salome Helbich1,2
1Institute of Immunology, University Medical Center Mainz, Mainz, Germany.
Frontiers in immunology
|November 1, 2023
概括
本研究详细介绍了单细胞检测转化酶可访问染色体的综合工作流程,使用T细胞上的测序 (scATAC-seq). 它涵盖了细胞隔离,图书馆准备和生物信息分析,用于染色体可访问性景观.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 免疫学 免疫学 免疫学
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 染色体的可访问性对于理解基因调节至关重要.
- 使用测序 (scATAC-seq) 进行转化酶可访问染色体的单细胞检测,为细胞异质性提供了高分辨率的见解.
- 描述T细胞调节程序需要强大的方法.
研究的目的:
- 为生成和分析来自小鼠T细胞的单细胞ATAC-seq数据提供完整的工作流.
- 详细说明从各种组织中分离scATAC-seq-ready CD4+ T细胞的方法.
- 为scATAC-seq数据预处理和下游分析建立一个生物信息管道.
主要方法:
- 从小鼠组织 (内脏脂肪组织,皮肤,结肠,脏) 中分离CD4+T细胞.
- 为scATAC-seq图书馆建设准备核心和质量控制.
- 使用基于R的ArchR框架对scATAC-seq数据进行生物信息分析.
主要成果:
- 建立了从多种不同的小鼠T细胞群中 scATAC-seq库准备的协议.
- 开发并验证了用于scATAC-seq数据分析的逐步生物信息管道.
- 证明了工作流的实用性,用于表征T细胞中的染色质可访问性景观.
结论:
- 描述的工作流为研究T细胞表观基因组的研究人员提供了全面的资源.
- 这种综合方法有助于研究特定细胞类型的基因调控程序.
- 该方法允许在单细胞水平上详细分析染色质可访问性.
