通过生物信息学分析和验证研究识别与胃癌相关的枢纽基因
Ting Zhao1, Zihao Chen2, Wenbo Liu3
1Department of Clinical Pharmacy, The First Affiliated Hospital of Kunming Medical University, Kunming, People's Republic of China.
International journal of general medicine
|November 1, 2023
概括
这项研究确定了胃癌 (GC) 中的十个枢纽基因,包括 COL1A1 和 COL4A1,这些基因与预后不佳和生存率有关. 这些发现为GC诊断和向治疗策略提供了洞察力.
科学领域:
- 在瘤学瘤学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 胃癌 (GC) 仍然是一个重大的全球健康挑战.
- 确定驱动GC发育和进展的关键基因对于改善患者的治疗结果至关重要.
- 生物信息学方法为在癌症研究中剖析复杂的基因组数据提供了强大的工具.
研究的目的:
- 使用生物信息学识别与胃癌 (GC) 发展相关的新型枢纽基因.
- 调查这些已识别的中心基因在GC中的表达模式和预后意义.
- 为开发新的诊断标记物和针对GC的向治疗策略提供基础.
主要方法:
- 对公开可用的mRNA微阵列数据集 (GEO) 和癌症基因组图谱 (TCGA) 数据进行综合分析.
- 在GC和正常组织之间识别差异表达基因 (DEGs).
- 基因本体学 (GO) 和KEGG通路丰富分析.
- 使用Cytoscape识别枢纽基因的蛋白质与蛋白质相互作用 (PPI) 网络构建.
- 使用GEPIA和Ualcan数据库进行预测价值评估.
- 通过免疫组织化学 (IHC) 验证关键基因表达.
主要成果:
- 在GC中确定了84个常见的差异表达基因 (DEGs),这些基因富含PI3K-Akt信号传递等途径.
- 在GC分子网络中确定了十个重要的枢纽基因.
- 发现原蛋白I型α1 (COL1A1) 和原蛋白IV型α1 (COL4A1) 与GC预后差显著相关.
- 证明了 COL1A1 和 COL4A1 的表达与高级 T 阶段,远程转移和整体 TNM 阶段正相关.
- 在GC组织中确认了COL1A1和COL4A1的上调,与5年生存率负相关.
结论:
- 在胃癌中通过生物信息学分析确定了10个高度表达的枢纽基因.
- COL1A1和COL4A1成为关键基因,显著影响GC预后和患者存活率.
- 这项研究为了解GC病变发生和开发有针对性的治疗干预提供了理论基础.
