在英格兰使用纳米孔测序从废水样本中对肝炎E病毒3型基因型和诺罗病毒GII进行元编码
Samantha Treagus1,2,3, James Lowther4, Ben Longdon5
1Centre for Environment, Fisheries and Aquaculture Science, Weymouth, UK. samantha.treagus2@ukhsa.gov.uk.
Food and environmental virology
|November 1, 2023
概括
废水测序在英格兰发现了多种不同的诺罗病毒 (GII) 和肝炎E病毒 (HEV) 菌株. 这项研究强调了废水监测对追踪这些重要公共卫生病毒的价值.
科学领域:
- 环境微生物学环境微生物学
- 病毒学 病毒学
- 公共卫生监督是对公共卫生的监督.
背景情况:
- 诺罗病毒引起广泛的胃肠炎; 肝炎E病毒 (HEV) 是病毒性肝炎的新兴原因.
- 两种病毒都在全球的废水中被检测到.
- 废水监测为监测病原体循环提供了一个有价值的工具.
研究的目的:
- 在英格兰废水样本中识别和描述诺罗病毒基因组II (GII) 和肝炎E病毒 (HEV) 基因型3菌株,使用安普利康深度测序.
- 评估废水测序对这些病毒的公共卫生监测的有用性.
主要方法:
- 使用安普利康深度测序 (metabarcoding) 来分析2019-2020年期间在英格兰收集的废水样本.
- 特定的基因区域是目标:GII菌株的诺罗病毒主要囊蛋白基因 (VP1) 的5'部分和HEV基因型3菌株的RNA依赖RNA聚合酶 (RdRp) 基因片段.
- 逆转录定量PCR (RT-qPCR) 用于确定HEV样本的病毒度.
主要成果:
- 检测到八种诺罗病毒GII基因型 (GII.2,GII.3,GII.4,GII.6,GII.7,GII.9,GII.13,GII.17),其中GII.3和GII.4是最常见的.
- 在废水中发现了HEV基因型3菌株,主要是G3c和G3e,可能来自人类或猪来源.
- 在低病毒度的样本中,HEV测定成功检测到菌株,尽管较短的安普利康可能会影响非常低度样本中的排序精度.
结论:
- 这项研究提供了英国废水中HEV RNA的第一份报告.
- 废水测序是检测和表征诺罗病毒和HEV菌株的强大方法.
- 建议在环境和宿主群体中加强对诺罗病毒和HEV的监测.
