为了基因多样性分析,De novo组装了Iron-Heart Cunninghamia lanceolata转录组和EST-SSR标志物的开发
Sen Liu1, Gongxiu He1, Gongliang Xie1
1Faculty of Forestry, Central South University of Forestry and Technology, Changsha, China.
PloS one
|November 2, 2023
概括
这项研究为Iron-Heart Cunninghamia lanceolata提供了第一个基因组资源,识别了5,645个简单序列重复 (SSR) 并开发了多态分子标记. 这些发现对于推进繁殖计划和对这种有价值的树种的遗传多样性分析至关重要.
科学领域:
- 林业和遗传学 林业和遗传学
- 植物基因组学 植物基因组学
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 铁心,是中国树的野生亲属,具有宝贵的遗传和繁殖特征,但缺乏足够的基因组资源进行研究.
- 有限的基因组数据阻碍了遗传研究和对这种重要的树种的分子标记物的开发.
研究的目的:
- 为Iron-Heart Cunninghamia lanceolata产生全面的基因组资源.
- 识别和描述用于分子标记物开发的简单序列重复 (SSR).
- 为未来的遗传多样性分析,育种计划和保护工作奠定基础.
主要方法:
- 使用Illumina NovaSeq 6000进行铁心C.lanceolata叶的转录组测序.
- 生物信息分析包括组装,功能注释 (UniProt,Pfam,GO,KEGG) 和SSR识别.
- 通过初始对放大开发和验证多态SSR标记物.
主要成果:
- 组装产生了115,501个 unigenes,其中26,278个在五个数据库中成功注释.
- 确定了5645个SSR,其中二核酸重复是最丰富的类型.
- 成功开发了15种多态SSR初级组,能够区分来自不同来源的中国树.
结论:
- 这项研究为铁心C.lanceolata.提供了第一个实质性的基因组数据集.
- 已识别的SSR和开发的多态标记物作为未来遗传研究和育种的宝贵工具.
- 这些发现支持加强遗传多样性分析,育种策略和保护该物种.
