以血液为基础的肺瘤转录和蛋白质生物标志物
Rahul Suryadevara1, Andrew Gregory1, Robin Lu1
1Channing Division of Network Medicine.
American journal of respiratory and critical care medicine
|November 2, 2023
概括
研究人员确定了血液中的肺瘤生物标志物,这是慢性阻塞性肺病 (COPD) 现型. 这些omics的发现改善了早期诊断和针对性治疗肺气的方法.
科学领域:
- 肺部医学 肺部医学
- 基因组学就是基因组学.
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
背景情况:
- 肺是慢性阻塞性肺病 (COPD) 的显著表型,具有重大预后影响.
- 早期诊断和针对肺气的向治疗对于患者的治疗结果至关重要.
- 目前的诊断方法往往依赖于成像,强调需要可访问的基于血液的生物标志物.
研究的目的:
- 为了发现基于血液的奥米克生物标志物,用于胸部计算机断层扫描-量化肺气.
- 开发针对肺重度的预测生物标志物面板.
- 研究身体质量指数 (BMI) 在血液生物标志物和肺气之间的关联中的作用.
主要方法:
- 在大型COPDGene队列中利用了差异性基因表达,替代拼接和蛋白质关联分析.
- 在COPDGene测试样本中进行了内部验证,并在ECLIPSE研究中进行了外部验证.
- 开发了结合临床,血细胞,RNA测序和蛋白质组数据的弹性网模型来预测肺气,使用接收器操作特征曲线评估准确性.
主要成果:
- 鉴定了瘤与3829个基因,942个异型,260个外体和714个蛋白质之间的显著关联,揭示了11个关键的生物学途径.
- 发现身体质量指数 (BMI) 中介了这些基因 (74%) 和蛋白质 (62%) 关联的很大一部分.
- 在最高性能模型 (临床,血细胞和蛋白质数据) 实现了强大的预测性能,在COPDGene测试集中,收容器操作特征曲线下的面积为0.90.
结论:
- 血液转录组和蛋白质组范围的分析提供了宝贵的洞察力,了解肺气背后的生物学途径.
- 这些omics生物标志物显著提高了对肺气的预测能力.
- 这些发现支持基于血液的奥米克的潜力,以改善肺气的诊断和管理.
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