对SSR/SV进行多基因组综合鉴定,并开发分子标记数据库,以服务于Sorghum bicolor (L.) 繁殖
Yanlin An1, Xiaobo Xia2, Huayan Zheng1
1Department of Food Science and Engineering, Moutai Institute, Renhuai, China.
BMC genomic data
|November 4, 2023
概括
研究人员开发了一个新的 Sorghum SSR/SV 数据库,以帮助分子标记器辅助育种. 该资源提供了必要的数据,用于识别DNA标记物,并改进这一重要的食品和商业作物.
科学领域:
- 植物遗传学 植物遗传学
- 基因组学就是基因组学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- (Sorghum bicolor (L.) moench) 是一个重要的食品和商业作物.
- 鉴定DNA分子标记物对于的分子标记物辅助育种至关重要.
- 现有的果突变数据库缺乏专门的SSR和SV数据库.
研究的目的:
- 为Sorghum建立和更新专门的SSR和SV数据库.
- 为了促进分子标记器辅助育种在谷.
主要方法:
- 评估了18个谷基因组的质量.
- 在染色体水平上组装了两个基因组.
- 在精选的 Sorghum 基因组中确定并对SSR位点和结构变异 (SV) 进行比较分析.
- 将发现集成到一个用户友好的SSR/SV数据库中.
主要成果:
- 揭示了谷基因组中SSRs的分布特征.
- 在五个代表性的麦参考基因组中确定了结构变异.
- 构建了一个Sorghum SSR/SV数据库,包含网站和原料对的可查询信息.
- 提供了可访问的数据库链接:http://www.sorghum.top:8079/,http:///43.154.129.150:8079/,http:///47.106.184.91:8079/.
结论:
- 开发的Sorghum SSR/SV数据库简化了研究人员的数据访问.
- 这一资源将对推进麦分子标记辅助育种计划做出重大贡献.
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