MCF2Chem:生物合成化合物生产的手动策划的知识库
Pengli Cai1, Sheng Liu1, Dachuan Zhang2
1CAS Key Laboratory of Computational Biology, Shanghai Institute of Nutrition and Health, University of Chinese Academy of Sciences, Chinese Academy of Sciences, Shanghai, 200031, China.
一个新的数据库,MCF2Chem,列出了微生物细胞工厂及其合成化合物,为合成生物学进步提供了关键数据. 该资源有助于研究人员识别化学生产的最佳微生物宿主.
科学领域:
- 合成生物学 合成生物学
- 代谢工程是代谢工程.
- 生物技术是生物技术.
背景情况:
- 微生物细胞工厂越来越多地用于合成各种化学化合物.
- 合成生物学的进步扩大了微生物生产系统的容量和多样性.
- 缺乏对微生物细胞工厂及其产品的全面数据库.
研究的目的:
- 建立MCF2Chem,一个手动策划的知识库,详细介绍微生物细胞工厂及其合成化合物.
- 为生产数据,菌株信息和发酵参数提供一个集中资源.
- 开发一个推系统,将目标化合物与合适的微生物工厂相匹配.
主要方法:
- 微生物细胞工厂和合成化合物的生产记录的手动策划.
- 整合有关化合物生产,菌株特征和发酵条件的数据.
- 开发一个使用MCF2Chem数据,菌株系谱和化合物相似性的推系统.
主要成果:
- MCF2Chem包含来自590家微生物工厂的1,231种化合物的8,888个生产记录.
- 细菌构成了60%的物种,脂肪酸,类,和shikimates/phenylpropanoids作为顶级产品.
- 关键的微生物工厂包括大肠杆菌,大肠杆菌,Yarrowia lipolytica和Corynebacterium glutamicum.
结论:
- MCF2Chem提供了一个用户友好的平台,可以访问和可视化有关微生物细胞工厂及其产品的数据.
- 该数据库为合成生物学家提供了宝贵的资源.
- MCF2Chem 在 https://mcf.lifesynther.com.com 上公开提供.
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