与乙型肝炎病毒相关的肝细胞癌中的三维色素景观
Zhao Yang1,2,3, Mengran Shi4, Youfeng Liang4
1College of Life Science and Technology, Innovation Center of Molecular Diagnostics, Beijing University of Chemical Technology, Beijing, 100029, China. yangzhao@mail.buct.edu.cn.
Journal of gastroenterology
|November 5, 2023
概括
研究了肝细胞癌 (HCC) 中的三维 (3D) 染色质变化. 改变的3D基因组架构,包括隔间和TAD,驱动HCC瘤发生,并可能提供新的生物标志物.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 癌症生物学 癌症生物学
- 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.
背景情况:
- 三维 (3D) 染色质结构在细胞功能中起着至关重要的作用,在癌症中经常发生改变.
- 在肝细胞癌 (HCC) 发病过程中3D染色质结构的特定变化还没有得到很好的理解.
研究的目的:
- 研究HCC发育过程中3D染色体结构和基因表达的变化.
- 根据3D基因组变异来确定HCC的潜在新生物标志物.
主要方法:
- 采用Hi-C和RNA测序来分析3D染色体景观和HCC和相邻非瘤肝组织 (ANHT) 的基因表达.
- 使用Hi-C Pro进行全基因组交互矩阵,用于规范化的代校正 (ICE),以及用于隔间识别的主要组件分析.
- 使用DESeq2分析拓相关域 (TADs) 和差异基因表达,通过TCGA,qRT-PCR和免疫组织化学 (IHC) 验证.
主要成果:
- 在HCC和ANHT之间观察到染色体内和染色体间相互作用的显著差异,导致TP53I3,ZNF738,APOC3和APOA5.5等基因的变异表达.
- 在HCC瘤发生过程中,在18个染色体中确定了49个区间切换区域,与RAP2A的上调相关.
- 发现瘤特异性TAD边界和增强器劫持chr5,与MED10表达升高有关,这是HCC预后不佳的标志.
结论:
- 染色体结构的变化在HCC瘤发生过程中至关重要.
- 确定了HCC潜在的新生物标志物,为精准医学在癌症治疗中的方法铺平了道路.
更多相关视频
12:24A Three-Dimensional Spheroid Model to Investigate the Tumor-Stromal Interaction in Hepatocellular Carcinoma
Published on: September 30, 2021
5.2K
09:13Study of Viral Vectors in a Three-dimensional Liver Model Repopulated with the Human Hepatocellular Carcinoma Cell Line HepG2
Published on: October 24, 2016
8.1K
