甲固定时间对甲固定嵌肝细胞癌组织RNA质量和数量的影响

科学领域:

• 分子生物学分子生物学
• 基因组学就是基因组学.
• 病理学 病理学 病理学

背景情况:

• 从甲固定嵌 (FFPE) 组织中精确的RNA分析对于推进精密医学至关重要.
• 组织固定协议的标准化对于可靠的下游分子分析至关重要.

研究的目的:

• 研究不同形式素固定时间对RNA数量和质量的影响.
• 评估固定时间对下一代测序 (NGS) 度量的影响,使用FFPE肝细胞癌 (HCC) 组织.

主要方法:

• 肝细胞癌 (HCC) 组织被固定在甲素中1到240小时.
• 总RNA被提取并使用NanoDrop,Qubit和Bioanalyzer进行数量和质量的评估.
• 使用Oncomine Dx Multi-CDx下一代测序系统准备和分析了测序库.

主要成果:

• 所有样本都达到NGS的最小RNA产量值.
• 较长的固定时间与总RNA和长RNA片段 (>200 nt) 的产量减少有关.
• NGS显示,内部控制基因的测序读数较少,固定持续时间增加;存储500天的FFPE块中的RNA显示产量和质量下降.

结论:

• 短和过度固定都会对RNA质量和NGS性能产生负面影响.
• 建议在推的672小时窗口内进行快速固定,以确保癌症患者分子分析的最佳RNA完整性.