PPGR:一个全面的多年生植物基因组和法规数据库
Sen Yang1,2,3, Wenting Zong4,5,6, Lingling Shi1,2,3
1State Key Laboratory of Tree Genetics and Breeding, College of Biological Sciences and Technology, Beijing Forestry University, Beijing 100083, China.
一个新的平台PPGR集成了多年生植物基因组和监管数据. 这种资源有助于研究木材生产,休眠和衰老,进步植物科学.
科学领域:
- 植物基因组学 植物基因组学
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 功能性基因组学 功能性基因组学
背景情况:
- 多年生木质植物具有重要的生态作用和独特的生物特征.
- 这些植物的基因组和功能研究正在推进,但数据整合仍然是一个挑战.
- 对于多年生植物数据而言,缺乏一个全面的平台.
研究的目的:
- 引入PPGR (多年生植物基因组和监管资源),这是一个多年生植物数据的新平台.
- 巩固基因组,基因调节和功能数据以进行增强分析.
- 促进对木材生产和休眠等多年生植物关键过程的研究.
主要方法:
- 从各种来源收集和整合数据,包括实验数据,文献,公共数据库和基因组预测.
- 对60种多年生植物物种的基因组,基因调节和功能数据的分析和可视化.
- 在PPGR平台内开发多主题搜索和分析工具.
主要成果:
- PPGR存储了60种物种的数据,包括847万个蛋白质-蛋白质/转录因子-标相互作用和9016个转录组样本.
- 专注于调节木材生产,季节性休眠,烯生物合成和叶子衰老的基因.
- 整合多主题工具用于数据探索和应用.
结论:
- PPGR为多年生植物研究提供了一个全面的,高质量的资源.
- 该平台有助于解开基因功能和理解监管过程.
- PPGR是促进多年生植物科学及其应用的宝贵工具.
更多相关视频
10:40Comprehensive Workflow for the Genome-wide Identification and Expression Meta-analysis of the ATL E3 Ubiquitin Ligase Gene Family in Grapevine
Published on: December 22, 2017
13:03Robust DNA Isolation and High-throughput Sequencing Library Construction for Herbarium Specimens
Published on: March 8, 2018
相关概念视频
Constitutive and Regulated Gene Expression
Gene Regulation During Sporulation
Combinatorial Gene Control
The expression of more than 30,000 genes is controlled by approximately 2000-3000 transcription factors. This is possible because a single transcription factor can recognize more than one regulatory sequence. The specificity in gene...
Global Regulatory Systems
Cis-regulatory Sequences
Multi-species Conserved Sequences
Although the genome of each species varies greatly from each other, a few sequences are highly conserved. Such conserved...
