使用sciCUT&Tag进行可扩展的染色质修饰单细胞分析
Derek H Janssens1, Jacob E Greene1,2, Steven J Wu1,3
1Basic Sciences Division, Fred Hutchinson Cancer Center, Seattle, WA, USA.
Nature protocols
|November 7, 2023
概括
现在可以通过单细胞组合索引CUT&Tag (sciCUT&Tag) 进行高通量单细胞染色体分析. 这种方法使单个细胞中染色质修饰的高效,高分辨率分析成为可能.
科学领域:
- 表观遗传学和基因组学
- 分子生物学分子生物学
- 单细胞分析 单细胞分析
背景情况:
- 在目标下切割和标记 (CUT&Tag) 提供了一个有效的替代品ChIP-seq用于染色体分析.
- 目前CUT&Tag的局限性包括可配置的单元数量,这阻碍了高通量单元应用.
研究的目的:
- 开发一种高分辨率,高通量单细胞染色体分析方法.
- 为了使单个细胞中的染色质特征能够进行可扩展和成本效益的分析.
主要方法:
- 使用纳米孔分配器建立了一个新的单细胞组合索引CUT&Tag (sciCUT&Tag) 协议.
- 该协议涉及两轮细胞索引:在96孔板中进行抗体导向Tn5标记,并在5184个纳米孔中进行PCR放大.
- 实现了多种染色质表位的同时分析.
主要成果:
- 该sciCUT&Tag协议允许在单个细胞中高效,高分辨率的染色质概况.
- 该方法已成功应用于人类外周血液单核细胞中的基因组修饰 (H3K27me3,H3K4me1-2-3) 概况.
- 单核酸多态被用于消除碰撞,提高数据的准确性.
结论:
- sciCUT&Tag显著提高了单细胞染色体分析的可扩展性和分辨率.
- 这种具有成本效益的平台提供了一个有吸引力的工具,用于详细分析单个细胞中的染色质状态.


