基于基因的SSR标记物的开发和验证 在属Mesembryanthemum中
Muhanad Akash1, Safwan Shiyab1, Mohammed Saleh2
1Department of Horticulture and Crop Science, School of Agriculture, The University of Jordan, Amman 11942, Jordan.
Scientifica
|November 8, 2023
概括
生物信息学分析在Mesembryanthemum EST序列中发现了5851个简单序列重复 (SSR) 标记. 这些基于基因的新型SSR和原料对于标记器辅助育种和特征选择具有价值.
科学领域:
- 植物分子生物学 植物分子生物学
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 遗传学 是一个遗传学.
背景情况:
- 简单序列重复 (SSR) 是关键的遗传标记.
- 表达序列标签 (ESTs) 提供了有价值的基因信息.
- 双胞胎遗传学研究可以从新型分子标记物中受益.
研究的目的:
- 使用生物信息学开发用于Mesembryanthemum的基于基因的SSR标记物.
- 为了描述SSR分布和类型在MesembryanthemumESTs.
- 评估开发的SSRs对遗传多样性分析和标记器辅助育种的有用性.
主要方法:
- 对28056个Mesembryanthemum EST序列的生物信息分析.
- 识别和表征SSR动机 (单,二,三核酸重复).
- 开发和测试EST-SSR原始对,包括多态分析 (PIC,MI,D) 和树状图构造 (UPGMA).
主要成果:
- 确定了5851个带有SSR的EST,其中单核酸重复是最常见的 (44%).
- 开发了83个特定的EST-SSR原始对,其中21个放大了65个等位基因.
- 取得了高标记性能 (PIC平均值0.47,MI 0.66,D 0.95) 并成功地聚集了24种基因型.
结论:
- 开发了一套有价值的83个特定于Mesembryanthemum的EST-SSR标记器.
- 这些标记物是有效的评估遗传多样性,并使得标记物辅助的选择.
- 这些发现支持这些SSR在分子育种中的应用,以改善Mesembryanthemum.
