病毒性和非病毒性的基因表达差异 Schizaphis graminum (罗丹尼)
Yan M Crane1,2, Charles F Crane1,3, Brandon J Schemerhorn1,2
1Crop Production and Pest Control Research Unit, Agricultural Research Service, United States Department of Agriculture, West Lafayette, Indiana, United States of America.
PloS one
|November 8, 2023
概括
谷物黄色矮人病毒 (CYDV) 对绿虫虫基因表达有复杂的影响,病毒,时间和生物型相互作用. 总体而言,该病毒并没有持续改变基因表达.
科学领域:
- 分子昆虫学分子昆虫学
- 昆虫与植物的相互作用
- 基因组学和转录基因组学
背景情况:
- 谷物黄矮病毒 (CYDV) 是一种由虫传播的重要农业害虫.
- 了解病毒载体相互作用的分子机制对于开发控制策略至关重要.
研究的目的:
- 研究CYDV-RPV对其昆虫载体绿虫虫 (Schizaphis graminum) 的基因表达的影响.
- 为了确定病毒,虫生物型的相对重要性,以及基因表达变化的时间.
主要方法:
- 在多个时间点进行的四种治疗 (生物型B和H,有或没有CYDV) 的绿虫虫的RNA测序 (Illumina配对结尾).
- 生物信息分析包括读取对齐 (bowtie2),差异基因表达分析 (DESeq2) 和等级聚类.
- 使用BLAST搜索与NCBI数据库对差异表达基因的注释.
主要成果:
- CYDV影响了基因表达,但它的效果与时间或虫生物型相比或小,取决于所使用的转录组组件.
- 基因表达特征被分为20组,揭示了病毒存在,时间和虫生物型之间的复杂相互作用.
- 感染病毒的虫中的高调基因包括那些涉及溶酶体贩运,丁烯基异构酶活性,RNA酶功能和分泌的效应蛋白的基因.
结论:
- 携带的CYDV在所有条件下都不会持续改变绿虫虫基因表达.
- 基因表达的变化是病毒,时间,虫生物型和宿主植物反应之间的复杂相互作用的结果.
- 特定的基因,包括编码分泌效应蛋白的基因,在对CYDV感染的反应中表现出改变的表达.
