一个使用DArTag技术培养草的中密度基因型识别平台
Michael A Hardigan1,2, Mitchell J Feldmann2, Jason Carling3
1USDA-ARS, Horticultural Crops Production and Genetic Improvement Research Unit, Corvallis, Oregon, USA.
The plant genome
|November 8, 2023
概括
我们使用分子逆向探针 (MIP) 开发了一个低成本的DArTag基因型化平台,用于在大型繁殖群体中高效地预测草基因组. 这种高通量解决方案能够准确地调用标记并分析遗传多样性.
科学领域:
- 植物遗传学 植物遗传学
- 基因组预测 基因组预测
- 草育种 草育种
背景情况:
- 草的基因组预测在当前高密度标记平台上是昂贵的.
- 繁殖种群需要具有成本效益的,高通量基因型化解决方案.
研究的目的:
- 为DArTag平台开发和评估一个中密度分子逆转探头 (MIP) 面板.
- 为草基因组预测提供低成本,高通量基因型化解决方案.
主要方法:
- 设计的MIP测试针对7742个单核酸多态 (SNP) 区域.
- 测试了376个八体Fragaria连接的测试.
- 使用基因型分离,安普利康覆盖和亚基因组特定对齐来评估DArTag的性能.
主要成果:
- 开发了3K和5K DArTag面板,在各种草生殖质中具有高多态性.
- 证明了准确的基因型调用与低放大偏差.
- 显示的标记物基因型可以被视为功能双倍体,用于定量遗传分析.
结论:
- DArTag平台为草基因组预测提供了一个具有成本效益和高效的基因定型解决方案.
- 开发的小组方便大规模的基因定型和分析草育种计划中的遗传多样性.


