同时针对的安普利康深度测序和图书馆准备,以获得时间和成本效益的普遍寄生虫诊断测序方法
Mathilde Gondard1,2, Meredith Lane1,3, Joel Barratt1
1Parasitic Diseases Branch, Division of Parasitic Diseases and Malaria, Center for Global Health, Centers for Disease Control and Prevention, Atlanta, GA, USA.
Parasitology research
|November 8, 2023
概括
我们开发了一种更快,更便宜的深度测序方法,用于检测像Plasmodium这样的血液寄生虫. 这种向的安普利康深度测序 (TADS) 试验现在可以更容易地用于例行诊断.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 寄生虫学的寄生虫学
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 使用嵌套PCR用于18SrDNA的向片深度测序 (TADS) 对于检测血液寄生虫是有效的.
- 宿主DNA的消化丰富了寄生虫DNA,使得可以敏感地检测出Plasmodium,Babesia,kinetoplastids和filaria线虫.
- 高昂的成本和繁的图书馆准备工作限制了TADS的常规使用.
研究的目的:
- 开发和评估一种与Illumina测序相容的修改后的TADS测定.
- 为了减少TADS试验的成本和周转时间,以实现更广泛的诊断应用.
主要方法:
- 修改的TADS启动器,包括Illumina条形码和适配器,用于直接测序.
- 修改后的试验与原始TADS进行速度,成本和检测极限 (LOD) 的比较.
- 在临床样本中对Plasmodium,Babesia,kinetoplastids和filarial线虫的诊断性能进行评估.
主要成果:
- 测试周转时间从7天减少到5天.
- 每个样本的成本从大约40美元降至11美元.
- 与原来的TADS试验的性能可比,与Plasmodium falciparum (0.58寄生虫/μL) 的LOD相似.
结论:
- 经过修改的TADS试验显著降低了成本和准备时间.
- 与Illumina测序的直接兼容性简化了工作流程.
- 优化的TADS试验更适合在临床实验室的常规诊断应用.
