开发一个可移植的现场应用的元基因组数据生成工作流程,以加强病原体和抗菌素耐药性监测

科学领域:

• 微生物学 微生物学
• 基因组学就是基因组学.
• 生物信息学是一种生物信息学.

背景情况:

• 快速和全面的诊断对于病原体监测和疫情预防至关重要.
• 实时,现场元基因组学使用便携式测序设备,如牛津纳米孔技术MiniON提供了一个有前途的解决方案.
• 当前的样品制备方法往往需要大量的实验室设备,这阻碍了现场应用.

研究的目的:

• 开发和优化用于纳米孔测序的快速,现场DNA提取和图书馆准备工作流.
• 评估现场开发的方法的性能与已建立的基于实验室的协议相比.
• 展示长期读取的纳米孔测序对于包括检测抗微生物耐药性基因在内的全面微生物分析的实用性.

主要方法:

• 开发了一种便携式工作流程,涉及机械溶解,基于磁珠的DNA净化和自动化图书馆准备.
• 利用尖端的参考社区来比较现场方法与其他工作流程.
• 雇佣了牛津纳米孔技术MiniON用于实时,便携式测序.

主要成果:

• 实现的吞吐量与最佳的基于实验室的协议相比较.
• 证明了可靠的分类学概况,承认了特定方法的偏见.
• 成功地恢复了全长的抗菌素耐药性基因,并使用长读数将它们归因于宿主物种.

结论:

• 开发的快速现场方法广泛适用于微生物检测和监测.
• 便携式纳米孔测序可以在各种环境中实时识别和表征病原体.
• 长读测序为了解抗菌素耐药性提供了有价值的基因组信息.