在结直肠癌中对表观遗传衰老加速进行了开放访问的评估,并开发了一种具有诊断潜力的分类器

科学领域:

• 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.
• 基因组学就是基因组学.
• 癌症研究 癌症研究

背景情况:

• 异常的DNA甲基化 (DNAm) 与结直肠癌 (CRC) 的病因有关.
• 越来越多的控制对医疗数据的访问趋势,包括癌症DNAm数据,阻碍了研究和培训.
• 开放获取数据对于开发创新方法和培训科学家至关重要.

研究的目的:

• 利用开放访问的DNAm数据来探索结直肠癌中的表观遗传衰老加速 (EAA).
• 根据EAA.开发和验证基于CRC诊断的分类器.
• 重新强调开放访问数据对科学进步的重要性.

主要方法:

• 利用来自14个开放访问研究中的1,845个样本的DNAm数据.
• 使用11个表观遗传时钟模型和衍生EAA计算表观遗传年龄 (EA).
• 开发了一个CRC诊断分类器,使用基于性别的弹性净回归和正常组织的EAA.

主要成果:

• 第一代和第二代表观遗传时钟与正常组织的时间年龄相关,与线粒体时钟不同.
• 在不同组织类型 (正常邻近,瘤,健康) 中,EAA表现出明显的分布.
• 开发的基于EAA的分类器实现了0.886的ROC-AUC,用于CRC诊断.

结论:

• EAA显示出作为CRC诊断的生物标志物的潜力.
• 在开放访问数据上训练有素的基于EAA的分类器可以支持CRC中的临床决策.
• 开放获取数据对于方法开发,研究培训和及时的科学进步至关重要.