结直肠癌的分子机制和基于生物信息学分析的分子标记物的查
Jikun Zhao1, Dadong Kuang1, Xianshuo Cheng2
1Department of General Surgery, Baoshan People's Hospital in Yunnan Province, Baoshan 678000, China.
Open life sciences
|November 13, 2023
概括
基因组学和生物信息学确定了16个关键基因,这些基因与结直肠癌 (CRC) 的进展有关. AQP8,CXCL8和ZG16与CRC预后有显著的关联,提供了潜在的诊断和治疗点.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 分子生物学分子生物学
- 在瘤学瘤学.
背景情况:
- 结肠直肠癌 (CRC) 的发病率和进展是复杂的,涉及许多遗传和分子因素.
- 识别关键的基因和分子标记物对于理解CRC病原体和开发向疗法至关重要.
研究的目的:
- 使用基因学和生物信息学选和分析与结直肠癌 (CRC) 发病率和进展相关的基因和分子标记物.
- 阐明CRC中差异表达基因的生物功能和通路.
- 确定CRC的潜在诊断标记物和治疗点.
主要方法:
- 利用GEO2R从基因表达综合数据库中检索和分析结直肠癌芯片数据 (GSE44076).
- 雇佣了DAVID,基因本体学 (GO),基因和基因组的京都百科全书 (KEGG),ClueGO和CluePedia进行基因注释,途径分析和蛋白质-蛋白质相互作用 (PPI) 网络构建.
- 使用分子复杂检测 (MCD) 选枢纽基因,并使用GEPIA和卡普兰-梅尔生存分析验证基因表达和预后.
主要成果:
- 在结直肠癌组织中鉴定了86个差异表达的基因,其中27个是上调的,59个是下调的.
- GO分析揭示了与视网醇脱酶活性,细胞外基质和激素代谢的关联.
- 凯格分析突出了包括视网醇代谢和代谢在内的途径. 确定了16个枢纽基因,AQP8,CXCL8和ZG16与CRC预后显著相关 (P<0.05).
结论:
- 基因组学和生物信息学有效地识别与结直肠癌 (CRC) 发病率和进展相关的基因和标志物.
- 这项研究系统地阐明了16个关键基因在CRC发育中的分子机制.
- 这些发现为查CRC诊断标记物和选择准确的药物治疗点提供了理论基础.
