使用多模型和多SNP数据集的全基因组关联研究提供了对亚麻中pasmo耐药性的新见解
Liqiang He1,2, Yao Sui2, Yanru Che2
1Ottawa Research and Development Centre, Agriculture and Agri-Food Canada, Ottawa, ON, Canada.
Frontiers in plant science
|November 13, 2023
概括
亚麻pasmo耐药性是多基因的,受环境因素的影响. 已识别的定量特征核酸 (QTNs) 提供了用于培育抗Septoria linicola.耐药的改良亚麻品种的标.
科学领域:
- 植物遗传学 植物遗传学
- 农业科学 农业科学
- 植物病理学 植物病理学
背景情况:
- 亚麻 (Linum usitatissimum L.) 是石油和纤维生产的重要作物.
- 帕斯莫病是由Septoria linicola真菌引起的,严重影响了亚麻种植.
- 了解帕斯莫耐药性的遗传基础对于作物改善至关重要.
研究的目的:
- 为了确定与亚麻中pasmo耐药性相关的遗传因素.
- 评估不同统计模型在检测帕斯莫耐药性的定量特征核酸 (QTNs) 中的有效性.
- 探索潜在的候选基因和影响帕斯莫抗性的基因环境相互作用.
主要方法:
- 在五年 (2012-2016) 期间,对445个亚麻加入的现场评估.
- 使用246,035个单核酸多态 (SNP) 的基因组分析.
- 应用四种统计模型 (GEMMA,FarmCPU,mrMLM,3VmrMLM) 来识别与帕斯莫抗性相关的QTN.
主要成果:
- 在不同数据集中确定了372个显著的QTNs和132个与pasmo电阻相关的标签QTNs.
- 发现了93个新的标签QTN,其R平方值范围从0.52%到22.42%.
- 发现了37个与39个标记QTN共定位的抗性基因类型 (RGA),并确定了50个QTN与环境相互作用 (QEIs).
结论:
- 亚麻中Pasmo抗性是一种由环境因素影响的多基因特征.
- 已识别的QTN和RGA作为开发抗pasmo亚麻品种的有价值目标.
- 综合遗传和环境数据对于有效的亚麻育种计划至关重要.
