广泛的参考数据库用于类型Trypanosoma cruzi基于迷你圆的超变区的amplicon测序
Fanny Rusman1, Anahí G Díaz1, Tatiana Ponce1
1Unidad de Epidemiología Molecular (UEM), Instituto de Patología Experimental Dr. Miguel Ángel Basombrío, Universidad Nacional de Salta-CONICET, Salta, Salta, Argentina.
PLoS neglected tropical diseases
|November 13, 2023
概括
使用小圆超变区 (mHVRs) 的新工作流有效地类型Trypanosoma cruzi菌株,帮助查加斯病研究. 这种方法为各种样本类型提供高灵敏度和特异性.
科学领域:
- 寄生虫学的寄生虫学
- 分子生物学分子生物学
- 遗传学 是一个遗传学.
背景情况:
- 查加斯病的原因Trypanosoma cruzi在离散类型单位 (DTU) 中显示出显著的遗传多样性.
- 精确的菌株类型是至关重要的,因为T. cruzi DTUs之间存在明显的生物学差异.
- 现有的类型化方法缺乏足够的灵敏度,特异性和可重复性,无法直接进行生物样本分析.
研究的目的:
- 开发和验证Trypanosoma cruzi菌株类型的敏感和特定方法.
- 创建T. cruzi DTUs. minicircle超变区 (mHVR) 多样性的参考数据库.
- 建立一个优化的工作流程来分析mHVR的深度安普利康测序数据.
主要方法:
- 分析了大约2400万个安普利康测序读取来自六个主要DTU的62个T. cruzi菌株的mHVR.
- 开发了使用85%和95%身份值的mHVR序列的参考数据库.
- 在模拟条件下,对各种样品类型 (包括培养物,全基因组数据和血液) 的工作流的性能进行评估.
主要成果:
- 同一个DTU内的菌株聚集在一起,比来自不同DTU的菌株共享更多的mHVR序列群.
- 95%的识别值显示出更高的特异性和更好的共感染检测.
- 85%的识别值被证明是有效的,用于识别混合样本中的初级DTU.
- 工作流在各种样本类型和模拟PCR条件中显示出强大的性能.
结论:
- 介绍了优化的参考数据库和T. cruzi mHVR的打字工作流程,包括在线分析工具.
- 工作流实现了与现有打字方法相比较的分辨率.
- 提出的方法为T. cruzi菌株查提供了一种敏感,特异,成本效益高,简单的替代方法.
