流排序,全基因组放大和下一代测序作为研究异质急性淋巴细胞白血病的联合工具

科学领域:

• 血液学 血液学 血液学
• 基因组学就是基因组学.
• 免疫学 免疫学 免疫学

背景情况:

• 下一代测序 (NGS) 为急性淋巴细胞白血病 (ALL) 和淋巴瘤 (LBL) 的免疫球蛋白 (IG) 和T细胞受体 (TR) 基因重排分析提供了增强的敏感性.
• 与正常B细胞和T细胞的背景噪声相比,从小恶性细胞亚群中区分低百分比的基因重组仍然是NGS的一个挑战.

研究的目的:

• 将NGS的性能与传统的多重PCR/基因扫描方法进行比较,用于在B细胞前体ALL (BCP-ALL) 中进行IG/TR基因重组分析.
• 开发和验证一种结合流细胞计细胞分类和全基因组放大 (WGA) 的方法,以使用NGS准确检测恶性细胞亚群.

主要方法:

• 使用欧元克隆性NGS方法和IdentiClone多重PCR/基因扫描方法对八个BCP-ALL病例进行比较分析.
• 在NGS之前应用流细胞计细胞分类,然后基于多重位移放大 (MDA) 的WGA,以调查复发性BCP-ALL患者的克隆进化.

主要成果:

• 与基因扫描方法相比,NGS方法发现了显著更多的IG/TR基因重新排列标记,基于数据分析值的变化 (1%对5%).
• 结合流量分类和MDA-WGA-NGS方法成功地在从复发性BCP-ALL患者分类的白血病细胞中识别了克隆TR重组,在诊断时可检测的总序列读数低于1%.

结论:

• 在基于NGS的克隆性评估中解释罕见序列时,由于潜在的背景重新排列,建议谨慎.
• 整合流式细胞计细胞分类与NGS提供了一个强大的策略,用于准确识别和分析血液恶性瘤中恶性细胞群.